寺内建筑，今日面貌已非旧颜。宏伟的“大雄宝殿”座落其中。殿共5间，高12米，进深15.3米，修建于民国5年（1916年）。殿内原有如来佛和观世音巨型塑像，两旁排列十八罗汉群像，“文化大革命”期间，佛像全部砸毁，1981年进行重塑。大雄宝殿前，庭院内有“明月池（原名“华严池”），池上有拱形小桥一座，名叫“明月桥”。

　　桥北有带走廊的小瓦平房一排，共12间名叫“明月观”。民国6年（1917年）重建，是寺僧集中坐禅处。

　　明月观北，有一小院。院内有一亭一泉，亭叫“三友亭”，亭侧松、竹、梅常年相依。院内峭壁之下有一泉，名“濯缨泉”，源于“沧浪之水清兮，可以濯吾缨”名。在“明月池”南边，有庙门一座，也是苏式亭阁建筑，这里原是“韦驮殿”，系清代嘉庆年间寺僧皓清建，光绪二十三年（1897年）达修重建。现在的亭子，是民国23年寺僧根如重建。1982年琅琊山管理处在此亭内塑弥勒佛（高1.41米）和韦驮（高2米）菩萨各一尊，供游人观瞩。

　　大雄宝殿后面，有“藏经楼”一座，自成一个天井，天井有一圆门，门额有砖刻隶书“三藏玄枢”4个大字，系民国10年滁县知事叶玉森所书。藏经楼是砖木结构的小瓦楼阁，上、下两层，门窗全系雕刻图案组成，正楼5间，两边厢楼各3间。楼高18米，进深8.68米，建于民国7年。藏经楼南有“念佛楼”，原是正楼和厢楼各3间，民国11年修此楼时，改为正楼3间，厢楼1间。

　　大雄宝殿南侧有一花园，名叫“祗园”。苍松翠柏满园，峭壁石刻高耸入云。上有历代名人题字，最为显目的是篆刻“南无阿弥陀佛”6个大字，还有“翠微亭”和“悟经堂”，翠微亭是苏式亭阁，此亭原在濯缨泉上，以后移建于此。由翠微亭南侧，沿石阶向上，有一所5间小瓦平房为“悟经堂”，为僧侣诵经拜忏之处。

　　琅琊寺外，东北山上，有“无梁殿”1座（明5间、暗3间）。高10.8米，进深8米。用灰砖砌成，庄严肃穆，古色古香，“为江北诸殿之冠”。殿内原有东晋所铸玉皇大帝铜像，毁于清代，清末达修重塑坐像，又毁于“文化大革命”期间。1982年进行重塑。此殿东侧原有舍利石塔一座，系宋熙宁元年（1068年）由光州固始县药婆徐氏施净财建造，已毁。

　　无梁殿南山坡上，有明代万历二十七年（1599年）建“三天门”一处，与无梁殿上下相对。无梁殿东数十丈，路边山旁有唐代崖刻3块。其中一块是唐代元和四年（809年）四月十五日乡贡进士卢弘宣、监察御史里行刘约与滁州刺史赵元阳同游时刻，并有元和十五年夏秘书省校书郎郡守钱可复的续刻。另一块是李幼卿题诗。

　　由无梁殿向西，约数百步至藏经阁西北，有一个大石洞。可容数十人，名叫“雪鸿洞”。明代万历年间，寺丞宋大斗在此洞研读《易经》，万历四十五年，寺丞仇维桢为此洞题名刻石，并在洞内石壁上刻“面壁处”一方，以祀宋大斗。洞内正面崖壁，有阳雕一个斗大“佛”字，洞的深处，有摩崖一方，高约丈余，上镌“南无释迦牟尼佛”字样。

　　“雪鸿洞”西不远处还有一个山洞，名“归云洞”，洞名镌刻于洞门头一巨石上。洞内有宋代治平元年、二年滁州知州杜符卿等记游及赠寺僧上诠诗2块。此摩崖石刻至今已900多年，仍如新镌，实为琅琊寺之珍宝。从“归云洞”缘山向南至“石上松”（又名“六朝松”），此松长在悬崖石缝之中，明嘉靖年间（1522～1566年）盛汝谦有游记叙过（碑立在大雄宝殿后院东北角），400多年来枝健叶茂。在“石上松”旁有一巨石平台，宋治平四年命名为“拜经台”。

　　琅琊寺庙门对面山上，有一条数百级石阶山道，蜿蜒向西转南，此即去南天门山道，明嘉靖十年取名“贰九经”。山道东侧，有古建遗址一处，瓦砾遍地，仅有一碑佇立其间，高约一丈，字已模糊有清，隐约可见“重建观音顶记”数字，此即“观音顶”遗址。再向上百步，有巨石一群、中间一石宽约丈余，高6尺，镌楷书“复兴岗”3个字，再向南至“南天门”，原有“碧霞元君庙”和“六方亭”、“会峰亭”等，均被日寇烧毁。

　　由山门向东，顺路而下，在群峰环抱之中有一个小湖和一座苏式亭阁，这是建国后新建的“深秀湖”和重建的“蔚然亭”。由此向北上坡，有一拱形门洞，名为“回北门”。南北两面门头上各有石刻一块，上书“峰回路转”和“蔚然深秀”。此门原是民国14年建筑，毁于“文化大革命”期间，1982年重修并加高。

　　据地方史志和琅琊寺碑刻记载，琅琊寺周围还有“琅琊洞”、“重熙洞”、“瑞鹿亭”、“晓光亭”和宋熙宁八年（1075年）住持僧方锐建的“寂乐亭”等古迹，以及寺内外许多碑刻，“文化大革命”期间大部毁坏，近几年来政府不断拨款加快修复，并设文物管理处专事管理工作。

　　1981年9月安徽省人民政府重新公布为省级重点文物保护单位。